Furono molti i condannati politici "sepolti vivi" nelle fosse di Santa Caterina, carcere borbonico dal 1794;" o a Punta Troia (Marettimo), luogo di pena fino al 1844. Nel 1806 fu carcerato politico il rivoluzionario Gaetano Dominò. Nel 1811 raggiungono Favignana il principe di Belmonte, Carlo Cottone principe di Castelnuovo, mentre a Punta Troia a Marettimo arriva il duca Dangiò: i tre nobili scontarono circa un anno di carcere. Giuseppe Coppola, nato a Erice il 18 marzo 1821, ivi morto il 14 gennaio 1902. Nel 1832 patì l'esilio a Favignana per 3 anni.Giovanni Hernandez nato a Erice il 12 marzo 1832 morto a Trapani il 27 ottobre del 1900. La polizia borbonica lo esiliò a Favignana. Nel 1830 arrivò a Favignana un folto gruppo di ufficiali borbonici ribelli condannati a 24 anni di esilio, con proibizione di passeggiare per l'isola e con minaccia di bastonate a chi rompesse il divieto. Ecco i loro nomi: Gregorio Pristipino, Antonio Nappo, Francesco Campanile, Ermenegildo Piccioli, Ferdinando La Vega, Gaetano Villani, Giovanni Pinedo, Atlante Canudo, Giuseppe Alleva, Luigi Gironda, Ottavio Tupputi, Nicola Staiti, Ferdinando Pennasilico, Carlo Ferrara, Emanuele Marciano, Filippo Esperti, Giuseppe MacDonald, Raffaele Esperti, Vincenzo Gennarelli, Gennaro Celentani, Michele Albano, Ciriaco Romano, Nicola Ruggiero, Pasquale Pesce, Tommaso Francioni, Antonio Gaston. Essi furono rimessi in libertà alla morte del Re Francesco." Per i moti del 1830 vennero condannati anche altri insorti, tra cui i sacerdoti Carmine Allegra, Simone Gerardi, Francesco Impala e l'eremita Nicola Basile. Dopo i moti del 1848, Vincenzo Oliveri di Castelvetrano fu condannato al domicilio coatto a Favignana. L'erudito sacerdote Gregorio Ugdulena, nato a Termini Imerese il 20 aprile 1815, morto a Roma il 7 giugno 1872. Insieme al fratello Francesco, fu rinchiuso per alcuni mesi a Favignana nel castello di San Giacomo e nelle fosse di Santa Caterina, dove il primo di aprile 1850 cominciò la sua opera maggiore: la traduzione dell'originale ed il commento della Sacra Scrittura. A lui è dedicata una via di Favignana. Giuseppe Scarperia di Castelvetrano nel 1855 venne condannato al domicilio coatto in quest'isola; dopo un anno fuggì su un peschereccio, ma fu ripreso e incarcerato a Trapani. Il napoletano Salvatore Arpaia fu spedito a Favignana come prigioniero politico; dopo aver scontato la condanna, decise di fermarsi nell'isola, così come fecero altri. Suo figlio Nicola fu una guardia carceraria borbonica alle Egadi. In periodi diversi, tra Santa Caterina e San Giacomo, furono "ospitati" altri patrioti nelle "fosse": Giuseppe Abbamonti, l' avv. Giuseppe Poerio, il Duca di Riario, Angioletti, Cerentani, Curzio, Ricciardi, Angileri, il Generale Tapputi, i fratelli Nicolò e Carlo Botta di Cefalù, Andrea Maggio e Alessandro Guarnera di Cefalù, Luigi Pellegrino, Emanuele Borgra, Francesco Baselli, Annibale Giordano, Pietro Maria Grutiher, Giuseppe Laghezza ex principe di Torella, Gregorio Ciccopiedi, Giuseppe Albarella, Giuseppe Fasulo, Rocco Lentini, Vincenzo Pignatelli, che vennero liberati nel 1860. Ma furono molti anche i patrioti che non furono scoperti. A Favignana, oltre al già citato farmacista Li Volsi, non si può dimenticare il medico Filippo Poma-Rizzo, trisavolo del farmacista Umberto Rizza. Nato ad Erice, già da giovane dimostrò avversità verso il dominio borbonico e aderì alla Carboneria; durante una retata a Trapani, riuscì a fuggire, quindi non venne schedato; dopo la laurea in medicina, decise di trasferirsi a Favignana, dove svolse l'attività di medico, di ostetrico, di dentista e di veterinario;sposò Rosa Canino, cognata della figlia di Pietro Canino, che in quel periodo era capo dei gendarmi borbonici, responsabile del forte di Santa Caterina e di Punta Troia.
Dal libro di Michele Gallitto "Egadi Ieri ed Oggi"